故事以一連串女高中生離奇死亡的事件開始,深陽學園2年C組的女學生宮下藤花原來隱藏著「Boogiepop Phantom」的第二重人格,行為奇異,究竟宮下是否這些死亡事件的主谋? 「Boogiepop Phantom」到底是都市中傳說的死神,還是正義的使者?
《骷髅人》的故事设定在一个"架空的时代"的"架空的日本"中,故事舞台则是一个在被称为"影之都"的巨大企业支配下的闭锁都市舞台。因远古秘宝骷髅头盔而拥有超能力的"反英雄"未知主角在这个架空的舞台上,在正义与邪恶、光明与黑暗、人类与非人类的瓜葛之间穿梭。作为黑暗英雄,一切的怜悯与同情都是多余的。骷髅人并非是善良的正义英雄,在向他露出獠牙之前请考虑清楚。 骷髅人到底是谁?这是本作品的一个特色,不到最后时刻是不会揭示骷髅人的真面目的。可能是主角?可能是貌似善良无能的神父?可能是大伴集团的骨干分子?可能是有名无实的警方?可能是路人A或提供情报者B?现在唯有等待动画中可能提供的线索或一直看到最后……
本次故事舞台在自由、热情的海滨城市——新旧金山。搬到这里的无敌,遇到了一位自称DJ的男子。而DJ使无敌变身成为了名叫“无敌侠”的劲舞英雄。二人立志携手用歌声与舞蹈击退突然出现的怪物,守护整个城市。而这一切的背后,一场威胁整个人类的危机正暗流涌动……