在播磨,武藏一行遇见了上杉龙臣统领的大型武士团——上杉武士团。他们的目的是讨伐盘踞在淡路岛的巨大鬼神“炮战龙八岐大蛇”。在那里,还有武田尚虎率领的武田武士团,与武藏同龄的武士岛津秋弘、尼子胜巳,以及稍显不通世俗的腼腆公主猿渡满等人。 在各种想法翻涌的涡旋之中,武藏一行也加入了灭鬼的战斗。而他们要挑战的八岐大蛇,则是号称“从未被人伤及分毫”、铜墙铁壁般的鬼神。武藏和同伴们将要面对的,是一场前所未有的激战。
《骷髅人》的故事设定在一个"架空的时代"的"架空的日本"中,故事舞台则是一个在被称为"影之都"的巨大企业支配下的闭锁都市舞台。因远古秘宝骷髅头盔而拥有超能力的"反英雄"未知主角在这个架空的舞台上,在正义与邪恶、光明与黑暗、人类与非人类的瓜葛之间穿梭。作为黑暗英雄,一切的怜悯与同情都是多余的。骷髅人并非是善良的正义英雄,在向他露出獠牙之前请考虑清楚。 骷髅人到底是谁?这是本作品的一个特色,不到最后时刻是不会揭示骷髅人的真面目的。可能是主角?可能是貌似善良无能的神父?可能是大伴集团的骨干分子?可能是有名无实的警方?可能是路人A或提供情报者B?现在唯有等待动画中可能提供的线索或一直看到最后……
本次故事舞台在自由、热情的海滨城市——新旧金山。搬到这里的无敌,遇到了一位自称DJ的男子。而DJ使无敌变身成为了名叫“无敌侠”的劲舞英雄。二人立志携手用歌声与舞蹈击退突然出现的怪物,守护整个城市。而这一切的背后,一场威胁整个人类的危机正暗流涌动……