第二部里，张大勇（陶大宇饰）与李忠义这对默契排档继续与狡猾凶狠的罪犯斗智斗勇。感情方面，大勇与高婕（郭可盈饰）成为斗嘴情侣，感情稳定增长。新来的女警员蓝嘉文（郭霭明饰）单纯善良，暗恋大勇并主动示爱。令大勇和高婕的问题出现新的危机。此时，高婕发现嘉文过去曾在外国因为三角恋而放火杀人，正当要揭发这一段过去时，高婕的朋友离奇被杀。嘉文对过去的矢口否认也不像假装，大勇与高婕的误会加剧，事情的真相扑朔迷离。
大侠霍元甲头七之日，日本虹口武道场翻译胡恩（魏平澳饰）受铃木宽（桥本力饰）委派，带人上精武馆挑衅。霍元甲五弟子陈真（李小龙饰）不堪其辱，孤身赴武道场应战，大败数十人。铃木宽大怒，派人打砸精武馆，并限三天交出陈真。为保陈真性命，大师兄（田丰饰）命令陈真离开上海。当夜，陈真意外发现师父被毒害的线索，盛怒之下手刃凶手（黄宗迅饰）及其内应（韩英杰饰），并决定挖出幕后主使……
故事发生在明朝年间，四海（陈锦鸿 饰）是杀人不眨眼的刽子手，和江湖郎中水如尘（谢天华 饰）结为义兄弟，两人一同踏上旅程，在误打误撞之中来到了一座名为昌隆的小镇之中。昌隆镇不大，处处洋溢着欢乐的气氛，然而，在这轻松而又平和的表面之下，隐藏着激烈汹涌的暗流，埋葬着不为人知的秘密。 在镇上，四海和水如尘遇见了镇上的首富霍天命（岳华 饰）和他的女儿霍倩瑶（廖碧儿 饰）。在阴差阳错之中，四海和霍倩瑶竟然结为了夫妻。镇上接连发生了数起命案，搅得人心惶惶，四海和水如尘开始了对案件的调查，却发现镇上发生的一切，和他们两人有着千丝万缕的关联。
1<<铁窗速递>> 单元个案：惩教署发现监狱内有犯人不断收到违禁物品，高层怀疑有职员协助非法偷运。负责的调查员是陈锦鸿饰，亲自到惩教署深入调查，熟识内部运作方便找出犯人。他锁定其中一名犯人黄德斌，因他与女友袁彩云感情佳，入狱后又得到违禁品。最后揪出一名因欠下赌债的二级惩教助理阮兆祥，并当场在其身上搜获违禁品，并将涉案人等一网打尽。 真实个案：2001年，台北监狱受刑人勾结管理员在狱中贩毒被发现，一名吴姓受刑人涉嫌行贿狱政人员，利用手机，遥控外面的伙伴进行毒品交易。 2<<沙丘城堡>> 单元个案：指工程公司利用监管漏洞来偷工减料，令不合格工程的四十一层楼宇严重沉降，为保安全，房署决定拆掉该楼宇。 真实个案：轰动一时的1999年沙田居屋愉翠苑短桩案，其时桩柱公司利用监管漏洞偷工减料，令两座楼宇严重沉降，最终房署需拆卸楼宇，而违法者最终也被绳之于法，和2004的《短桩》差不多。 3<<亿万信用>> 单元个案：在廉政公署处理一宗诬告贪污案时，揭发另一宗指地产富商与银行高级职员非法勾结的亿万商诈骗案。 真实个案：香港500亿洗黑钱案。2001年，香港廉政公署宣布成功捣破了香港有史以来最庞大的跨境“洗黑钱”集团。廉署估计，这个集团至少已运作了5年，“洗黑钱”金额高达500亿港元。 4<<过界>> 单元个案：廉政公署收到3宗投诉，指高级警务人员收受利益包庇色情场所，展开调查后，揭发公职人员的失当行为，法庭以“以权谋私”的定罪因素作清晰阐释，此案便是将早年高级警司冼锦华一案变成内容，这集由陈国邦饰演高级警务人员，其他演员有惠英红及苗侨伟。 真实个案：有点类似改编自2003年香港高级警司冼锦华一案，涉嫌收受贿赂（包括免费性服务），以包庇色情场所，并在警方采取的“扫荡”行动前向黑帮组织通风报信。 5<<空卡>> 单元个案：九铁职员利用火车货卡，进行走私活动。由于货运系统即将全面计算机化，廉署只有一个月的时间进行调查，刻不容缓。为查出犯罪者，廉署调查员混入货运调度部工作，执行拘捕行动。 真实个案：其实早在2006年，违法分子曾在深圳与香港之间打通地道进行走私，在深港边界线的民宅设点，挖地道连接贯穿深港的下水道，走私电子产品。
黄家岚（关咏荷 饰）十多年前留下儿子，独自出国深造。现在她又回到了阔别多年的香港。机缘巧合之下，家岚进入了言氏集团下属的形广告公司任职，恰巧她的儿子陆哲（蔡淇俊 饰）也在这里担任摄影师。陆哲并不知道黄家岚就是自己的母亲，他自小由奶奶伍恒（金燕玲 饰）带大，一直十分怨恨母亲当年抛下自己不顾而去。形广告公司各式各样奇尼古怪的人俱有，同事们演绎了一出十分多姿多彩的生活剧。
少年得意，颇具学识的状元书生高升（郑少秋 饰）得到了雍正皇帝的赏识，最后被任命为弘历，也就是后来的乾隆皇帝的陪读。在紫禁城，高升一待就是二十多年。他不仅是皇帝的伴读，还为乾隆皇帝解决了大大小小的事情，但乾隆妒高升才学突出，因此高升没有一官一职，倒也活的自在。新入宫的小宫女如意（杨怡 饰）颇得皇帝喜欢，但碍于如意卑微的身份和皇后的威严，一直未能得手。而这时，如意却惹上了莫须有的罪名，最后遗失在了宫外，不知去向。 乾隆命高升追逐如意的下来，高升借机感受外面的大千世界，来到了扬州城。在这里找到了如意的下落，结识了侠妓，万花楼的老板苏三（邓萃雯 饰）。二人从互看对方不顺眼到后来心心相惜，可事情不可能一帆风顺……
